一般把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，稱之為普通PCR儀。如果要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。主要是用作簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。主要應(yīng)用于科研、教學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、檢驗、檢疫等。

　　PCR儀的PCR反應(yīng)過程與細胞內(nèi)的DNA復(fù)制相似，但PCR的反應(yīng)體系要簡單的多，主要包括DNA靶序列、引物、4種單核苷酸dNTP、耐熱DNA聚合酶以及合適的緩沖液體系。

　　PCR反應(yīng)過程有以下3個步驟：

　　1.變性

　　將反應(yīng)體系混合物加熱到94℃，維持較短時間（大約15-30 s），使目標DNA雙螺旋的氫鍵斷裂，形成單鏈DNA作為反應(yīng)模板。

　　2.退火

　　將反應(yīng)體系冷卻至特定的溫度（引物的TM值左右或以下），引物與DNA模板的互補區(qū)結(jié)合，形成模板引物復(fù)合物。

　　3.延伸

　　將反應(yīng)體系的溫度提高到72℃并維持一段時間，引物在耐熱聚合酶的作用下，以引物為固定起點，以4種單核苷酸（dNTP）作為底物合成新的DNA鏈。

　　以上三步驟作為一個循環(huán)重復(fù)的進行，每一循環(huán)的產(chǎn)物作為下一循環(huán)的模板。如此循環(huán)數(shù)十次，從而使目的基因得到指數(shù)級擴增，達到檢測或獲取基因的目的。